Saiba como as linhagens são entendidas a partir de informações genéticas

            A linhagem contêm informações sobre as relações genealógicas entre indivíduos e são de fundamental importância em muitas áreas de estudos genéticos.

No entanto, elas são muitas vezes desconhecidas e são entendidas a partir de informações genéticas. Apesar da importância de seu conhecimento, ela se torna difícil devido ao alto custo da computação de verossimilhança e ao enorme número de linhagens possíveis que devem ser consideradas. Por exemplo, mesmo a população da Groenlândia sendo de poucos indivíduos, em uma amostra relativamente pequena, 584 indivíduos, continha muitos parentes próximos.

           A fim de solucionar as questões citadas, o método CLAPPER (Abordagem de Probabilidade Composta para Reconstrução de Linhagem) surgiu como uma alternativa, estimando a partir dos dados genotípicos de uma amostra de indivíduos a linhagem verdadeira dos mesmos e obtendo a menor taxa de falso positivo em relação a parentes próximos. No entanto, o uso ingênuo de linhagens estimadas nas análises pode não ser justificado quando há uma incerteza estatística significativa na estimativa. Essas análises teriam que levar em consideração a incerteza estatística. Para aumentar a eficiência, foi utilizado o recozimento simulado que utiliza uma função de verossimilhança composta, a partir de dados do SNP do genoma, se aproximando assim da totalidade da probabilidade, proporcionando o ordenamento de marcadores moleculares conectados entre si dentro de cada cromossomo.

           O método foi aplicado no conjunto de dados dos Inuit da Groenlândia para demonstrar sua habilidade em inferir linhagens previamente desconhecidas de dados genéticos. Embora as estimativas de relacionamentos distantes sejam incertas, com o método pode-se ter um sentido geral das estruturas de linhagens escondidas nos dados e tomar as ações apropriadas para as análises.

Esse método possui uma vantagem significativa em relação ao método de inferência emparelhada. Pode estimar melhor as relações além dos primos e é capaz de detectar parentes muito mais precisamente.


Curtiu o conteúdo? Se aprofunde mais clicando no link abaixo!

Método de probabilidade para inferir pedigrees locais

                                  Por Ana Carolina Vianna, Thais Viana, Dimitri Marques e Diego Aguiar