Formação da cauda do peixe-zebra
Durante o desenvolvimento animal, as células-tronco geram uma vasta diversidade de células diferenciadas para formar tecidos e órgãos funcionais. A especificação dos destinos das células durante o desenvolvimento e a capacidade de funcionar adequadamente durante a vida adulta são determinados pelas mensagens de RNA que essas células expressam e as funções e quantidades de proteínas produzidas a partir de essas mensagens. O maior obstáculo para as terapias regenerativas é não conhecer o sistema completo de genes normalmente expressos em um determinado tipo de célula, evitando assim, o desenvolvimento de intervenções genéticas e farmacêuticas específicas do tipo de célula, bem como inibir a reprogramação eficiente de células-tronco para regenerar o tecido danificado. No entanto, avanços recentes em RNA-seq de célula única fornecer uma plataforma para rastrear alterações transcricionais em milhares de células simultaneamente. Capturando todas as alterações transcricionais em todas as células de um animal em desenvolvimento é um passo poderoso para identificar o molecular e genética da especificação do tipo de célula, organogênese e homeostase adulta, o que é evidente em uma recente expansão dos esforços para realizar este trabalho. Nosso objetivo geral é incentivar esforços coletivos para compilar esses dados para o peixe-zebra, para identificar transcricionalmente tipos de células e dar aos pesquisadores a oportunidade de identificar eficientemente de novo candidatos para análise genética em tecidos, tipos de células e programas de expressão gênica de interesse. Identificamos centenas de tipos de células transcricionalmente definidas e suas trajetórias de desenvolvimento de expressão gênica correspondentes, e as ancoramos na anatomia do peixe-zebra por comparação com os padrões de expressão in situ de RNA.Este atlas fornece um rico recurso de tipos de células transcricionalmente definidas em toda a organogênese do peixe-zebra.Os pesquisadores podem explorar este recurso para transcrições que anteriormente não foram atribuídas a tipos específicos de células de interesse , bem como sondar mudanças temporais na expressão gênica subjacentes à especificação do tipo de célula durante o desenvolvimento.Foi projetado um atlas para ser uma ferramenta para investigar mudanças na expressão gênica associada à especificação do destino celular durante o desenvolvimento animal com o objetivo de fornecer novos insights sobre a organogênese dos vertebrados. O atlas Zebrafish scRNAseq deve oferecer a capacidade de produzir perfis de expressão gênica precisos para tipos de células de interesse em vários estágios de desenvolvimento. Os códigos combinatórios de expressão gênica informam a posição anatômica e a identidade. Há ferramentas para pesquisadores aproveitarem a expressão gênica, vias de desenvolvimento e identificar tipos de células no desenvolvimento da zebra. Foi anotado um total de 220clusters biomarcador e identificamos várias estratégias para estudar mudanças na expressão de genes relacionados ao desenvolvimento de embriões de peixe-zebra em resolução de célula única.Especificamente, a expressão do gene marcador pode ser usada para anotar clusters derivados de algoritmos, a análise da expressão avança informações para genes cujas sequências eram anteriormente conhecidas apenas, que as alterações transitórias na expressão do gene são acompanhadas por alterações persistentes nos padrões de expressão do gene. Durante a diferenciação do tipo em células específicas. Além disso, a expressão diferencial de enzimas metabólicas em um grupo de células hepáticas e a expressão de genes pró- inflamatórios relacionados à imunidade em outro grupo de células hepáticas sugerem que o desenvolvimento do peixe-zebra sub funcionaliza tipos de células distintas para engajar as tarefas imunológicas e metabólicas necessárias. Os peixes foram mantidos pela instalação Zebrafish da Universidade de Oregon usando técnicas de criação padrão .Os embriões foram coletados de acasalamentos naturais, estagiados e agrupados (n = 15 por repetição). Foram utilizados os métodos de dissociação do embrião, preparação de biblioteca de cDNA de célula única, análise computacional, análise de trajetória pseudo temporal e anotação de cluster.
Alunas: Lorrayne Di Stasio e Laura Vanes
Revisão Textual: Bruna Libório e Julia Maretti
Docente: Diego Aguiar
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